CHIẾN LƯỢC VÀ ĐỊNH HƯỚNG NGHIÊN CỨU

Sinh học phân tử và công nghệ gene
♦   Cơ sở dữ liệu bộ genom tập đoàn lúa đã được sắp đặt định hướng cho khai thác
Đến 2020 thu thập, đánh giá và giải mã gene tập đoàn lúa bản địa Việt Nam quy mô 1000-2000 giống, đại diện cho các đặc tính quý như: năng suất cao, chất lượng phù hợp, thơm; các đặc tính chống chịu hạn, mặn, lạnh; kháng các loại bệnh quan trọng như rầy nâu, đạo ôn, khô vằn, bạc lá…
♦   Giải mã, xây dựng cơ sở dữ liệu bộ genom cây cà phê, cây sắn
♦   Phân lập, nghiên cứu đặc tính và tiềm năng ứng dụng các gen/promotor có giá trị kinh tế phục vụ công tác tạo giống cây trồng chuyển gen
♦   Lập bản đồ phân tử các đặc tính chống chịu, năng suất và chất lượng, các chỉ thị phân tử sử dụng cho chọn tạo giống
Sử dụng tin sinh học trong quản lý, khai thác cơ sở dữ liệu genom. Lập bản đồ các tính trạng liên quan đến năng suất, chất lượng và tính chống chịu bằng phương pháp dựa trên thông tin toàn genom (Genomic Wide Association Study) để phát triển các chỉ thị phân tử SNP có liên quan đến các gene nói trên.
Lập bản đồ các đặc tính chống chịu, năng suất và chất lượng ở các cây trồng khác như bông, đậu tương, lạc và các cây trồng khác…
♦   Chỉ thị phân tử liên quan đến các đặc tính chống chịu, chất lượng và năng suất
Sử dụng tin sinh học phát triển các chỉ thị SNP liên quan đến các đặc tính năng suất, chất lượng và chống chịu. Sử dụng các chỉ thị SNP cho chọn tạo giống.
♦   Các giống lúa, đậu tương kháng đa yếu tố có năng suất, chất lượng cao ứng phó với biến đổi khí hậu
Sử dụng các phương pháp Marker Assisted Selection (MAS) và Marker Assisted Backcrossing (MABC) chọn tạo các giống lúa, đậu tương năng suất, chất lượng, kháng đa yếu tố (kháng đồng thời với các điều kiện bất thuận sinh học và phi sinh học chính- siêu lúa).
♦   Tạo các giống Ngô kháng sâu, kháng thuốc diệt cỏ, chịu hạn; Đậu tương kháng thuốc diệt cỏ, chịu hạn; Sắn tăng năng suất, chịu đất nghèo nitơ; Lúa kháng virus
Công nghệ tế bào thực vật
- Nghiên cứu chọn tạo giống cam không hạt bằng công nghệ tam bội, cứu phôi.
- Phát triển trên quy mô lớn các giống lúa chất lượng cao dòng hạt tròn J01; J02, J03; DS1....và các giống lúa hạt dài chất lượng cao như QR1; QR2; QR4; QR14; QR15...
- Phát triển quy mô lớn giống cam V2 không hạt, chất lượng cao dựa trên hệ thống giống sạch bệnh và kỹ thuật canh tác tiên tiến, sẽ là giống chủ lực trong phát triển công nghiệp CAQ có múi ở nước ta trong thời gian tới.
- Phát triển quy mô lớn các giống mía và sắn năng suất cao, sạch bệnh thông qua hệ thống nuôi cấy mô tế bào.
Đột biến phóng xạ, chọn giống truyền thống
- Phát triển và ứng dụng các phương pháp gây tạo đột biến mới như: sử dụng tian ion kim loại nặng, tia gamma, ion và hóa chất gây tạo đột biến, kết hợp với các phương pháp công nghệ sinh học như nuôi cấy bao phấn, chỉ thị phân tử… làm tăng hiệu quả và tính định hướng trong đột biến.
- Chọn tạo được các giống lúa hạt tròn, hạt dài, chất lượng cao, năng suất cao, kháng đa yếu tố; giống đậu tương năng suất cao, chống chịu tốt với các bệnh chính; các giống lạc, cà chua, mía, hoa mới đáp ứng thị trường trong nước và xuất khẩu.
Công nghệ vi sinh
- Tạo các chế phẩm xử lý rơm rạ thành phân bón qua phun trực tiếp trên đồng ruộng, tăng năng suất lúa trung bình 7-10%; giảm ô nhiễm môi trường.  
- Tạo được các chế phẩm xử lý rơm rạ thu gom, sản xuất phân bón, giảm phân hóa học, làm tăng năng suất rau xanh 50-100% so với không bón. Giảm ô nhiêm môi trường do phân hóa học.
- Phát triển các bộ Kits/quy trình cho việc chuẩn đoán bệnh virus thực vật
Nấm ăn và nấm dược liệu
- Xây dựng Hệ thống giống nấm chất lượng cao trên toàn quốc.
- Tạo các giống nấm mới, xây dựng mô hình sản xuât nấm theo phương thức công nghiệp.