LẮP RÁP MỚI CHO HỆ GEN LÚA MÌ CÓ ĐỘ TƯƠNG THÍCH CAO HƠN 10 LẦN

Một bước tiến lớn cho sự chính xác và hoàn thiện của hệ gen lúa mì, một nhóm các nhà khoa học của Johns Hopkins trình bày một lắp ráp mới cho thấy tầm quan trọng của việc sử dụng các trình tự đọc dài, chính xác cao để giải quyết các bộ gen phức tạp và lặp đi lặp lại.

Dự án này nhằm khắc phục một thách thức lâu dài đối với nghiên cứu lúa mì vì nhìn chung lúa mì có một trong những bộ gen phức tạp nhất, với 6 bản sao của mỗi nhiễm sắc thể, số lượng khổng lồ các chuỗi gần giống hệt nhau nằm rải rác, và kích thước genome lớn hơn 15 Gbp. Nhiều nỗ lực trong quá khứ để lắp ráp bộ gen đã thất bại.

Năm 2012, chỉ một phần ba bộ gen được lắp ráp. Vào năm 2014, một tổ hợp trình tự đọc ngắn đã quy định để chiếm được 2/3 bộ gen trong một lắp ráp có độ phân giải cao, trong khi một tác động trên cơ sở trình tự đọc ngắn tiếp theo sau đó đã mang lại nhiều trình tự hơn nhưng trong hàng triệu contig. Theo các tác giả của nghiên cứu, dự án này là lần lắp ráp đầu tiên toàn bộ chiều dài của bộ gen, với hơn 15,3 Gbp, và sự tương thích của nó cao gấp 10 lần so với lắp ráp từng phần đã được công bố trước đây.

Phát hiện thú vị nhất của nghiên cứu này là việc mô tả sự đóng góp của loài thực vật tổ tiên cho hệ gen lúa mỳ (còn gọi là bộ gen lúa mì D). "Bằng cách sắp xếp lắp ráp này với bộ gen phác thảo của Aegilops tauschii, tổ tiên của bộ gen lúa mì D, chúng ta đã có thể phân tách thành phần genome D từ bộ gen A và B của cây lúa mì lục bội, được báo cáo ở đây lần đầu tiên, "nhóm nghiên cứu giải thích.

Tham khảo thêm về nghiên cứu trên PacBio website.